국가연구개발사업에 대한 예비타당성조사 폐지


법무법인 대륙아주 윤대해 변호사
법무법인 대륙아주 김민형 변호사



1. 들어가며

예비타당성조사(이하 ‘예타’라 합니다.) 제도는 국가 사업의 예산 낭비를 방지하고 재정 운용의 효율성을 높이는 것을 목적으로 하는 「국가재정법」의 핵심적 재정 통제 장치로서 총사업비 500억 원 이상, 국고 지원 300억 원 이상인 대규모 신규사업에 대하여 예산 편성에 앞서 타당성을 검증하도록 함으로써, 객관적이고 중립적인 조사를 통해 재정사업 투자를 투명하고 공정하게 결정하는 기능을 수행해 왔습니다.

그러나 연구개발(이하 ‘R&D’라 합니다.) 분야의 경우 급변하는 기술 환경에 신속히 대응해야 할 필요가 있음에도, 국가 R&D 사업 역시 예타 대상에 해당하여 그 통과에만 2년 이상 소요됨으로써, 우리나라가 인공지능, 바이오, 양자 등 미래 생존을 좌우할 글로벌 기술 경쟁에서 뒤처질 수 있다는 비판이 지속적으로 제기되었습니다.

이에 2026. 1. 29., R&D의 신속성과 유연성을 높이기 위해 ① 국가 R&D 사업 예타를 폐지하고, ② 예타 폐지에 따른 재정 누수 및 사업 부실화 방지를 위한 보완 장치를 마련하는 것을 골자로 하는 「국가재정법 일부개정법률안」과 「과학기술기본법 일부개정법률안」(이하 ‘개정안’이라 합니다.)이 국회 본회의를 통과하여 2. 10.부터 시행되었습니다.



2. 개정안의 주요 내용

가. 국가 R&D 사업에 대한 예타 폐지

개정안은 「과학기술기본법」 제11조에 따른 국가 R&D 사업과 같은 법 제12조의3 제1항에 따른 구축형 R&D 사업 중 해당 R&D의 수행에 필수적인 시설물의 건설공사가 포함된 사업을 예타 대상에서 전면 제외하였습니다(국가재정법 개정안 제38조 제1항 제1, 3호).


나. 예타 폐지에 따른 보완 장치

개정안은 기존 예타 대상이었던 국가 R&D 사업 중, 총사업비가 1천억 원 이상이고 국가의 재정지원 규모가 500억 원 이상인 신규 국가 R&D 사업에 대한 새로운 통제 장치를 마련하였습니다.

이를 위하여 국가 R&D 사업을 ① R&D 장비구축, 연구 공간 조성, 인공우주물체 연구 기반 시설구축 등에 해당하는 사업(이하 ‘구축형 R&D’라 합니다. 예를 들어 입자가속기, 우주발사체, 연구단지 등)과 ② 구축형 R&D를 제외한 나머지 사업(이하 ‘연구형 R&D’이라 합니다. 예를 들어 인공지능, 양자, 바이오 등 전략기술개발과 기술사업화 등 연구개발 중심 사업)으로 구분하였는데,

① 구축형 R&D의 경우, 과학기술정보통신부장관은 신규사업의 타당성에 관한 ‘사업추진심사’를 실시하여야 하고, 심사 결과를 요약하여 국회에 제출하여야 합니다(과학기술기본법 개정안 제12조의3). 또한 과학기술정보통신부장관은 설계 또는 사업 환경 변동 등으로 구축형 R&D 사업 계획 변경이 필요할 시 ‘계획변경심사’를 실시하여야 합니다(과학기술기본법 개정안 제12조의4).

위와 같은 사업추진심사는 기존 예타와 유사한 요소도 있지만, 사업의 진행여부를 결정하는 것이라기보다 사업이 진행되기 위해 필요한 사항을 점검하고 보완하는데 중점이 있습니다.

또한, 사업추진심사→설계적합성심사→주요 계획변경심사 등 사업 전주기에 걸친 단계별 심사(Stage-Gate) 제도를 도입하여 관리를 강화하도록 하였습니다.

② 연구형 R&D의 경우, 과학기술정보통신부장관이 국가 R&D 사업과 관련된 중앙행정기관의 장으로부터 사업계획서를 제출받아 검토하게 되고(과학기술기본법 개정안 제12조의2), 사업기획점검을 실시하게 됩니다. 이는 사업추진의 신속성 확보가 보다 강조된다고 할 것입니다.



3. 개정안의 시사점과 보완점

이번 개정안으로 국가 R&D 사업 투자 심의 체계는 예타에서 맞춤형 사전점검제도로 전환되었습니다. 이는 2008년 국가 R&D 사업 분야에 예타가 도입된 이후 18년 만의 전면적 제도 개편으로, 급변하는 기술환경 속에서 국가 차원의 전략적 투자를 속도감 있게 추진할 수 있는 기틀을 마련하였습니다.

아울러 개정안은 국가 재정 건전성 확보라는 기존 예타의 기능을 유지하기 위한 보완 장치를 마련하면서도, 실패 시 매몰비용이 막대하고 운영비가 지속 투입되는 구축형 R&D에 대하여는 비교적 면밀한 심사 절차인 사업추진심사와 계획변경심사를 거치도록 하고, 연구형 R&D에 대하여는 사업계획서를 검토하는 사전기획 점검을 거쳐 지체 없이 예산을 요구할 수 있도록 함으로써, 예타 폐지를 통해 확보될 국가 R&D 사업의 신속 성과의 조화를 이루었습니다.

다만 이번 개정안은 과학기술정보통신부장관으로 하여금 연구형 R&D 사업계획서 검토나 구축형 R&D 사업 추진심사ㆍ계획변경심사의 대상ㆍ방법 및 절차 등에 관한 세부사항을 정하여 고시하도록 한바, 국가 R&D 투자 심의 체계의 구체적인 내용을 직접 정하지는 않았습니다.

이에 국가과학기술자문회의는 개정안 통과 후인 2026. 2. 12. 대규모 국가 R&D 사업의 투자ㆍ관리 체계를 개편하기 위한 「대형 연구개발 사전점검 체계 전면 개편 방안」을 심의ㆍ의결하였습니다.

따라서 고도의 혁신성을 갖춘 국책 과제를 선제적으로 기획하고 제안하고자 하는 정부출연 연구기관 및 방위ㆍ과학기술 기업들은, 이번 개정안과 위 국가과학기술자문회의 의결 결과를 반영한 과학기술정보통신부장관의 행정규칙 제정 동향을 지속적으로 모니터링할 필요가 있습니다.