재정경제부 발표 「2025년 세제개편 후속 시행령 개정안」의 주요내용과 시사점
- 국가전략기술 세액공제 확대 및 고배당기업 배당소득 분리과세 특례 등-


법무법인 대륙아주 조상연 변호사
법무법인 대륙아주 황준호 변호사



1. 「2025년 세제개편 후속 시행령」 개정의 배경

2025. 12. 국회를 통과한 개정세법에서 위임한 사항 등을 규정하기 위하여, 재정경제부는 2026. 1. 16. 소득세법 시행령 등 21개 후속 시행령 개정안을 발표하였습니다.

이번 개정안은 ① 경제대도약 지원, ② 민생안정을 위한 포용적 세제, ③ 세입기반 확충 및 조세제도 합리화를 3대 축으로 하여, 미래전략산업 지원 강화, 자본시장 활성화, 기업의 투자·상생협력 촉진, 조세탈루 방지 등 다양한 분야의 세부사항을 규정하고 있습니다.

금번 개정된 시행령은 입법예고(2026. 1. 19. ~ 2. 5.), 차관회의·국무회의 등의 절차를 거쳐 2026. 2. 중 공포·시행될 예정입니다.



2. 기업 관련 주요 개정 내용

가. 미래전략산업 지원 강화

(1) R&D 세액공제 국가전략기술 및 신성장·원천기술 범위 확대 {조세특례제한법(이하 '조특법') 시행령 별표7, 별표7의2}

R&D 세액공제 대상 국가전략기술이 8개 분야 78개 기술에서 81개 기술로 확대되고, 신성장·원천기술이 14개 분야 273개 기술에서 284개 기술로 확대됩니다. 국가전략기술은 8개 분야 81개 기술, 신성장·원천기술은 14개 분야 284개 기술로 확대되었으며, 구체적인 세부기술은 조특법 시행령 별표7(신성장·원천기술), 별표7의2(국가전략기술)에서 확인할 수 있습니다.



(2) R&D비용 세액공제 적용 범위 확대 (조특법 시행령 §9)

인공지능 분야 연구개발 지원을 위해 '인공지능 학습용데이터 구매비'에 대해서 기존에는 세액공제 대상에서 제외되었으나, 이번 개정안이 시행되면 R&D 비용 세액공제가 적용됩니다. 다만, 연구개발 전담부서 사용목적으로 한정됩니다.

(3) 국가전략기술 등 연구개발시설 투자세액공제 적용 합리화 (조특법 시행령 §21)

국가전략기술·신성장 등 연구개발시설이 사업화를 위해 한시 활용되더라도 국가전략기술·신성장 등 연구개발시설 공제율(중소 40~50%, 중견·대 30~40%)을 적용받을 수 있게 되었습니다. 다만, 투자완료일부터 다음 3개 과세연도 종료일까지 국가전략기술 등 연구 관련 사용시간이 50% 미달 시 공제세액 및 이자 상당액이 추징됩니다.

<적용시기> 시행령 시행일 이후 사후관리하는 분부터 적용


나. 자본시장 활성화 및 벤처투자 지원

(1) 고배당기업 배당소득 분리과세 특례 신설 (조특법 시행령 §104의24)

고배당기업으로부터 받은 배당소득에 대해 종합소득 과세표준에서 제외하고 14~30%의 세율로 분리과세가 적용되어, 고배당기업으로부터 배당을 받은 개인 주주는 종합소득금액 확정신고 시 "분리과세신청서"를 제출하여 분리과세를 선택할 수 있습니다.

• 고배당기업 요건: ① 배당성향 40% 이상 또는 ② 배당성향 25% 이상이고 이익배당금액이 전년 대비 10% 이상 증가한 기업으로, 배당성향은 연결재무제표 기준으로 산정(미작성의 경우 별도재무제표 기준), 당기순이익 '0' 이하인 적자배당 기업은 전년 대비 배당 10%가 증가하면 배당성향을 25%로 간주 (단, 자본총액 대비 부채비율 200% 초과인 경우 배당성향 0%로 간주).
• 배당소득 범위: 현금배당액(주식배당 제외, 중간·분기·특별·결산배당 모두 포함). 담보, ETF 설정, RP거래 등에 활용되는 대차거래에 따른 배당액도 포함
• 적용제외 법인: 투자전문회사, 리츠 등 유동화전문회사는 제외

(2) 투자·상생협력 촉진세제 개편 (조특법 시행령 §100의32)

투자·상생협력 촉진세제의 환류대상에 배당(자본준비금·이익준비금 감액배당 제외, 중간·분기·특별·결산배당 모두 포함)이 추가되고, 환류해야 하는 기업소득 비율이 상향됩니다.



(3) 벤처투자조합의 투자목적회사(SPC)를 통한 벤처투자 세제지원 (조특법 시행령 §12의2)

내국법인이 벤처투자조합의 투자목적회사(SPC)를 통해 벤처기업에 출자한 경우 해당 출자금액의 5% 세액 공제가 신설됩니다.




다. 기업 고용 및 인력 관련

(1) 통합고용세액공제 개편 (조특법 시행령 §26의8)



(2) 연구개발 우수인력 범위 규정 (조특법 시행령 §11의2)

연구개발특구 입주기업의 세액감면 한도 계산 시 자연·이공·의학계 분야 박사학위 소지자 또는 연구개발특구 입주기업에서 연구원으로 근무하는 사람(행정사무 담당자 제외)은 연구개발 우수인력에 해당하여 상시근로자 1인당 2,000만원의 현행 1,500만원에 비해 우대공제가 적용됩니다.


라. 상생협력 지원

(1) 무역보험기금 출연금 세제지원 신설 (조특법 시행령 §7의2, §100의32)

무역보험기금 출연금이 상생협력기금 세액공제 대상에 추가되고(공제율: 중소 10%, 기타 5%), 투자·상생협력 촉진세제 환류대상에도 포함됩니다. 내국법인이 중소·중견기업(매출액 3천억원 미만)에 대한 보증·대출지원을 목적으로 무역보험기금에 출연하는 경우, 출연금의 5~10% 세액공제를 받을 수 있으며, 미환류소득 산정 시 차감됩니다.

• 협력중견기업 범위: 매출액 3천억원 미만 중견기업으로서 수탁기업, 수탁기업에 물품을 납품하는 중견기업, 그 밖에 내국법인이 협력이 필요하다고 인정하는 중견기업

(2) 중소기업 스마트공장 관련 사업용 유형자산 가속상각 신설 (조특법 시행령 §25의5)

중소기업의 스마트공장 관련 사업용 유형자산에 대해 가속상각이 허용됩니다. 가속상각 대상 자산은 기계장치 등 사업용 유형자산 (차량·운반구, 선박·항공기, 건물·구축물 및 무형자산 제외)이고, 가속상각의 범위는 기준내용연수의 50% 범위 내에서 가감합니다(일반적인 경우 25% 범위).


마. 지방이전 및 지역성장 지원

(1) 위기지역 창업기업 감면요건 규정 (조특법 시행령 §99의8)

위기지역(고용재난지역, 고용위기지역 및 산업위기대응 특별지역) 내 창업기업에 대한 소득세·법인세 감면(5년간 100% + 2년간 50%)을 받기 위해서는 해당지역 내 5억원 이상 투자 및 상시근로자 10명 이상 고용 요건을 충족해야 합니다.

(2) 본사 지방이전 시 세액감면 사후관리 강화 (조특법 시행령 §60의2)

본사를 수도권 밖으로 이전한 법인이 수도권에 일정 규모 이상의 사무소를 둔 경우 감면세액이 추징되는데, 추징 기준이 본사업무 종사자 비율 50% 이상에서 40% 이상으로 강화됩니다.

<적용시기> 시행령 시행일 이후 공장·본사를 이전하는 분부터 적용
<경과조치> 시행령 시행일 전에 본사를 이전하거나 기존 본사를 철거·폐쇄하는 등 이전에 착수한 경우에는 종전 규정 적용


바. 국제조세 – 글로벌최저한세 및 내국추가세

(1) 글로벌최저한세 제도 보완 {국세조세조정법(이하 ‘국조법’) 시행령 §111조 등}

글로벌최저한세 제도와 관련하여 다수의 기술적 보완이 이루어집니다.

• 전환기 적용면제 적용기한 연장: 2026년 → 2027년까지 연장하여 현행 국가별 보고서를 활용해 계산한 실효세율이 2025년은 16%, 이며, 2026년은 17%로 하던 것을 2027년 17%를 추가하여 글로벌 최저한세 추가세액이 없는 것으로 간주합니다.
• 대상조세 배분범위 확대: 공동기업 및 그 자회사, 비구성기업에도 대상조세 배분 가능
• 이연법인세 배분방법 마련: 회계상 이연법인세의 구성기업 간 배분방식 규정 (5년 선택)

<적용시기> 시행령 시행일 이후 글로벌최저한세정보신고서 또는 추가세액배분액을 신고하는 분부터 적용

(2) 내국추가세 도입에 따른 세부사항 규정 (국조법 시행령 §125의3 등)

국내 저율과세 기업에 대한 과세권 확보를 위해 내국추가세 제도가 도입되며, 계산방법, 배분방법, 신고·납부 절차 등 세부사항이 규정됩니다.

• 내국추가세액 계산: 글로벌최저한세 규정 준용 (단, 일부 대상 조세 제외)
• 법정배분방식: 각 구성기업의 글로벌최저한세소득을 기준으로 배분

사. 상속세 및 증여세 제도 합리화

(1) 공익법인 범위 합리화 {상속세 및 증여세법(이하 '상증세법') 시행령 12조}

공익법인으로 인정되는 종교단체의 범위가 비영리내국법인·거주자가 운영하는 종교사업으로 한정되어, 외국법인·비거주자의 종교사업은 제외됩니다.

(2) 영농상속공제 제도 합리화 (상증세법 시행령 §16)

영농상속공제 적용을 위한 영농종사기간 계산방법이 합리화됩니다. 복식부기 의무자 수입금액 기준(도·소매업 3억원, 제조업 1.5억원 등) 이상의 수입금액이 있는 과세기간은 영농기간에서 제외합니다. 또한 재산가액 계산방식도 자산의 가액에서 해당 자산에 담보된 채무액을 뺀 가액으로 계산으로 보완되었습니다.

(3) 증여세 과세 합리화 (상증세법 시행령 §26, §31의2, §32의3, §33)

• 다자간매매체결회사를 통한 주식거래: 특수관계인 간 고저가 양수도 증여세 과세 제외대상에 추가 (단, 당일 종가거래를 제외한 대량·바스켓매매는 과세대상 포함)
• 초과배당에 따른 증여이익 산정시 차감하는 소득세 상당액 산정: 성실신고확인대상사업자의 경우 증여세 신고기한이 7. 1. 이후인 경우 실제 소득세액 적용하는 것을 추가하였습니다.
• 재산취득 후 증여세가 부과되는 재산가치 증가사유와 관련하여 비상장주식의 코넥스시장 상장은 증여세 과세대상에 포함되나, 코스닥·코스피 상장은 제외

(4) 비상장주식 평가방법 보완 (상증세법 시행령 §54)

현행 시행령은 비상장주식은 1주당 순손익가치와 1주당 순자산가치를 3 대 2의 비율(부동산과다보유법인은 2 대 3)로 가중평균한 가액으로 평가하되, 그 가중평균한 가액이 1주당 순자산가치의 80% 가액보다 낮은 경우에는 1주당 순자산가치의 80% 가액으로 평가합니다. 다만, 자산총액 중 주식 비중이 80% 이상인 법인 또는 자산총액 중 부동산 비중이 80% 이상인 법인의 경우에는 그 가중평균한 가액과 상관없이 1주당 순자산가치의 100% 가액으로 평가합니다.

시행령 개정안은 자산총액 중 주식 비중이 80% 이상인 법인 또는 자산총액 중 부동산 비중이 80% 이상인 법인의 경우, 그 가중평균한 가액이 1주당 순자산가치의 100% 가액보다 낮은 경우에만 1주당 순자산가치의 100% 가액으로 평가하도록 평가방법을 보완하였습니다.

• 자산총액 중 주식 비중 80% 이상 법인: max(가중평균가액, 주당 순자산가치의 100%)
• 자산총액 중 부동산 비중 80% 이상 법인: max(가중평균가액, 주당 순자산가치의 100%)

아. 관세 관련 제도 개선

(1) 반도체 제조장비 부품 등 관세 감면 대상 공장 지정기간 연장 (관세법 시행령 §113)

반도체 제조장비, 항공기 부품에 대해 관세감면이 적용되는 제조·수리공장의 지정기간이 3년 이내에서 10년 이내로 연장됩니다.

(2) 면세품 외국 미반출 시 회수 절차 합리화 (관세법 시행령 §213)

보세판매장(면세점) 운영인은 판매한 면세품이 미반출되는 경우 해당 면세품을 회수해야 하나, 천재지변, 여객기·여객선의 결항 등 불가피한 사유로 미반출된 경우에는 회수 의무가 면제됩니다. (단, 여행자 휴대품 관세 면제 한도 이내의 물품 등으로 한정)

<적용시기> 2026. 4. 1. 이후 회수하는 분부터 적용

(3) 관세환급 관련 증명서 자율발급 절차 신설 {수출용 원재료에 대한 관세 등 환급에 관한 특례법(이하 '환특법') 시행령 §12의2, §13}

관세환급 관련 증명서(평균세액증명서, 수입세액분할증명서, 기초원재료납세증명서)에 대해 자율발급 제도가 신설됩니다.

• 지정: 원재료 수입자 또는 관세사가 자율발급 신청 시 세관장이 성실업체 대상 자율발급자 지정
• 유효기간: 3년 (취소 또는 갱신 가능)
• 발급방법: 관세청 전산처리설비에 증명서 입력

<적용시기> 2026. 7. 1. 이후 신청하는 분부터 적용



3. 개정안의 시사점

이번 시행령 개정안은 미래 전략 산업에 대한 지원과 배당 촉진을 통한 기업가치 제고 등 경영 환경에 직결되는 핵심 변화를 담고 있습니다. 다만, R&D 시설의 사후관리 기준이나 고배당기업 판정 절차 등 개정안의 혜택을 안정적으로 확보하고 잠재적 위험을 방지하기 위해서는 전문가의 도움을 받아 면밀히 진단하고, 대비할 필요가 있습니다.