2025년 세법개정의 주요 내용과 시사점 – 법인과세 분야


법무법인 대륙아주 강헌구 변호사
법무법인 대륙아주 황준호 변호사



1. 2025년 세법개정의 배경

  국회 기획재정위원회는 2025. 11. 30. 지난 7월말 기획재정부가 발표한 정부안 중 11개 세법개정안을 의결하였으며, 국회는 2025. 12. 2. 이어진 본회의에서 총 12건의 세법개정안을 최종 의결하였습니다. 국제조세조정에 관한 법률, 법인세법, 상속세 및 증여세법, 종합부동산세법, 교육세법은 정부 원안대로 가결되었으나, 개별소비세법, 관세법, 국세기본법, 국세징수법, 부가가치세법, 소득세법, 조세특례제한법은 심사 과정에서 여야 합의를 거친 수정안이 가결되었습니다.

  본 이슈리포트에서는 기업 경영에 실질적인 영향을 미치는 법인과세 관련 핵심 사항을 선별하여 분석하고자 합니다.



2. 「법인세법」 주요 개정 내용

가. 사회적기업의 기부금 세제지원 확대(법인세법 제24조 제3항)

  개정 법인세법은 사회적기업의 자생력 강화와 사회 환원 선순환을 위해 사회적기업의 일반기부금 손금산입한도 비율을 기존의 20%에서 30%로 상향 조정하였습니다.


나. 벤처투자조합의 투자목적회사에 대한 소득공제제도 신설(법인세법 제51조의2)

  개정 법인세법은 유동화전문회사 등에 대한 소득공제 적용대상에 '벤처투자조합의 투자목적회사(Special Purpose Company, 이하 'SPC'라 합니다)'를 추가하였습니다. 개정 법인세법은 SPC가 배당가능이익의 90% 이상을 투자자에게 배당한 경우 그 배당금액을 해당 사업연도의 소득공제 받을 수 있으며, 그 배당을 받은 주주 등이 「조세특례제한법」에 따라 비과세를 적용받는 경우에도 SPC는 위 소득공제제도를 적용 받을 수 있도록 규정하였습니다.


다. 법인세 세율 조정(법인세법 제55조)

  개정 법인세법은 국가 재원 확충과 조세 형평성 제고를 위해 아래 표와 같이 법인세 과세표준 구간별로 법인세율을 1%씩 인상하였습니다.






라. 연결납세방식 사후관리 합리화(법인세법 제76조의9 제2항 및 제76조의12 제2항)

  개정 법인세법은 연결납세방식 적용 승인 후 5년 이내에 연결납세방식이 취소되거나 연결자법인이 배제되는 경우, 다른 연결법인의 결손금과 합한 소득금액을 익금에 산입하고, 다른 연결법인의 소득금액과 합한 결손금을 손금에서 산입하여야 하나, 그 결손금에 대해 이미 대가를 지급하거나 지급받은 경우에는 익금 또는 손금에 산입하지 아니하도록 규정하였습니다.


마. 외국법인의 국내원천소득 범위 합리화(법인세법 제93조 제2호 및 제10호)

  개정 법인세법은 외국법인이 장외파생삼품의 거래를 통하여 지급받는 배당소득도 국내원천 배당소득에 포함되도록 규정하였습니다. 그리고 외국법인이 국내에 있는 자산을 현저히 낮은 가액으로 양수하는 경우 그 대가와 시가와의 차액을 국내에 있는 자산을 증여받아 생기는 소득에 포함하도록 규정하였습니다.


바. 외국법인 연락사무소 현황 자료 미제출에 따른 제재 규정 신설(법인세법 제94조의2 제4항 및 제124조 제2항 신설)

  개정 법인세법은 외국법인 연락사무소가 현황 자료를 제출하지 아니하거나 거짓을 자료를 제출하는 경우 그 관할세무서장이 시정에 필요한 명령을 할 수 있고, 그리고 해당 시정명령을 위반한 외국법인에 대해 1천만원 이하의 과태료를 부과할 수 있다는 규정을 신설하였습니다.



3. 「부가가치세법」 주요 개정 내용

가. 가공세금계산서 발급·수취 가산세 상향(부가가치세법 제60조 제3항 제1호, 제2호 및 제4항)

  개정 부가가치세법은 사업자가 실제 재화 또는 용역을 공급하지 아니하거나 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급·수취한 경우, 사업자가 아닌 자가 재화 또는 용역의 공급없이 세금계산서등을 발급·수취한 경우 그 세금계산서등에 적힌 공급가액에 부과하는 가산세율을 현행 3%에서 4%로 상향하였습니다.


나. 납세의무자에 대한 실질적 사업운영 현황을 입증할 수 있는 증빙자료 제출 의무 부과(부가가치세법 제74조)

  개정 부가가치세법은 납세지 관할 세무서장이 부가가치세의 납세보전 또는 조사를 위하여 납세의무자에게 실질적 사업운영 현황을 입증하는 장부·서류 등 증빙자료를 제출할 수 있도록 규정하였습니다. 해당 규정은 최근 수도권과밀억제권역 밖에서 사업을 하는 자에 대한 조세 감면을 받은 자가 등록한 사업장이 아닌 다른 곳에서 실질적 사업을 하면서 허위로 감면 특례를 받고 있는 경우가 적발되고 있어, 허위 조세감면을 방지하기 위해 도입되었습니다.



4. 「조세특례제한법」 주요 개정 내용

가. 창업중소기업 등에 대한 세액감면 범위 확대(조세특례제한법 제6조)

  개정 조세특례제한법(이하 '조특법'이라 합니다)은 일반 창업중소기업보다 높은 감면율을 적용받는 소규모 창업중소기업의 기준을 현행 연간 수입금액 8,000만 원 이하 기업에서 1억 400만 원 이하인 기업으로 완화하였습니다.


나. 무역보험기금 출연금을 상생협력기금 출연금 세액공제 대상에 추가(조특법 제8조의3)

  개정 조특법은 수출기업에 대한 지원을 확대하기 위해 내국법인이 무역보험기금에 협력중소기업에 대한 보증 또는 대출지원 목적의 출연금을 출연하는 경우 출연금의 10% 상당액을, 협력중견기업에 대한 보증 또는 대출지원 목적의 출연금을 출연하는 경우 출연금의 5% 상당액을 출연한 날이 속하는 사업연도의 법인세에서 공제할 수 있도록 규정하였습니다.


다. 벤처투자목적회사를 통한 출자 시 세제지원(조특법 제13조, 제13조의2 및 제14조)

  개정 조특법은 벤처투자조합을 통해 SPC에 출자함으로써 받는 배당소득 등에 대하여 비과세하고, 내국법인이 벤처투자조합을 통해 SPC에 출자하고 그 SPC가 벤처기업 등의 주식 또는 출자지분을 취득한 경우, 그 SPC가 취득한 주식 또는 출자지분의 취득가액 중 5%에 상당하는 금액을 내국법인의 법인세에서 공제하는 규정을 신설하였습니다.

  개정 조특법은 벤처투자조합이 SPC로부터 받는 배당소득에 대해 비과세를 하고, 그 특례 대상 소득으로 SPC가 벤처기업에 출자한 주식 또는 적격 출자지분 양도에 따른 양도소득, SPC가 취득한 내국법인 채권 양도에 따른 양도소득으로 한다고 신설하였습니다.


라. 고용지원을 위한 통합고용세액공제 제도 합리화(조특법 제29조의8)

  현행 조특법은 통합고용세액공제를 받은 과세연도의 종료일부터 2년까지 상시근로자의 수가 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 세액공제를 중단하고 공제받은 세액을 추징하였으나, 개정 조특법은 처음 통합고용세액공제를 받은 과세연도의 상시근로자의 수 이상으로 고용하는 경우에는 더 많은 공제금액을 적용받도록 하고, 상시근로자의 수가 감소한 경우에도 공제받은 금액을 추징하지 아니하도록 세액공제 구조를 개편하였습니다.

  그리고 개정 조특법은 중소기업이 아닌 기업의 경우에는 대통령령으로 정하는 최소고용 증가인원수를 초과하여 상시근로자의 수가 증가한 경우에만 세액공제를 받도록 개정되었습니다.


마. 내국법인이 외국자회사 주식을 외국법인에 현물출자 시 과세특례 신설(조특법 제38조의 4)

  개정 조특법은 5년 이상 계속 사업을 한 내국법인으로서 20% 이상 지분을 보유하고 있는 외국자회사의 주식 또는 출자지분을 외국법인에 현물출자하는 경우 발생한 양도차익을 4년 거치 및 3년 분할 익금산입 하는 규정을 신설하였습니다.

  해당 규정의 적용요건은 ①출자법인 및 피출자법인이 각각 그 현물출자로 취득한 주식등을 현물출자일이 속하는 사업연도종료일까지 보유하고, ②출자법인이 현물출자일 다음 날부터 그 현물출자일이 속하는 사업 연도의 종료일까지 피출자법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 80%이상을 보유하며, ③외국법인은 외국 자회사가 현물출자일이 속하는 사업연도종료일까지 사엽을 계속 유지하여야 합니다.

  다만, 출자법인이 외국자회사 주식등의 양도차익 전액을 익금산입하기 전에 현물출자로 취득한 주식등을 처분하는 경우 익금에 산입하지 아니한 금액 중 법에 따라 계산한 금액을 익금에 산입하는 사후관리도 함께 규정하고 있습니다.


바. 지방이전 기업 세제지원 제도 개선(조특법 제63조 제1항 제2호 및 제63조의2 제1항 제3호)

  개정 조특법은 기업이 공장 또는 본사를 수도권 밖에 소재하는 성장촉진지역 등으로 이전하는 경우 최초로 소득이 발생한 과세연도의 개시일부터 10년 동안 감면대상 소득에 대하여 법인세를 전부 감면하고, 그 다음 5년 동안은 법인세의 50%를 감면하되, 이전기업이 지방에 투자한 금액 및 이전한 본사 또는 공장의 상시근로자수와 연계된 감면한도를 적용하는 규정을 신설하였습니다.


사. 투자·배당 및 상생협력 촉진을 위한 과세특례 개편(조특법 제100조의32)

  개정 조특법은 주주에 대한 배당을 통한 기업소득의 환류를 촉진하기 위하여 법인세를 추가로 납부하여야 하는 미환류소득에서 공제되는 대상에 배당을 추가하고, 미환류소득 산정을 위하여 기업소득 중 기업이 환류하여야 하는 소득 비율의 범위를 종전의 60%~80%까지에서 65%~85%까지[자산의 투자 합계액을 미환류소득에서 공제하지 아니하는 경우(투자제외형)에는 종전의 10%~20%까지에서 20%~40%까지]로 상향하였습니다.




아. 토지분 종합부동산세 추징 예외사유 신설(조특법 제104조의19)

  개정 조특법은 2026. 1. 1. 이후 추징 사유가 발생하는 분부터 주택건설사업자가 토지 취득 후 천재지변 등 정당한 사유로 5년 이내 사업계획의 승인을 받지 못한 경우 종부세 추징 제외할 수 있다고 규정하였습니다.


자. 우수 선·화주기업에 대한 세액공제 개편(조특법 제104조의30)

  개정 조특법은 2026. 1. 1. 이후부터 개시하는 사업연도분부터 우수 선·화주기업의 요건을 운송비용에서 물동량으로 개편하였고, 원양노선에 대한 추가공제를 신설하였습니다.




차. 지역사랑상품권 기업업무추진비 손금 확대(조특법 제136조)

  개정 조특법은 지역사랑상품권으로 지출한 기업업무추진비도 전통시장에서 지출한 기업업무추진비와 함께 추가 손금산입한도가 적용되도록 대상을 확대하고, 추가 손금산입 한도를 기업업무추진비 한도액의 10%에서 20%로 상향하였습니다.



5. 「국세기본법」 주요 개정 내용

● 납부지연가산세 산정방식 개선(국세기본법 제47조의4 제1항 및 제47조의5 제1항)

  종전 국세기본법은 납세자 또는 원천징수의무자 등이 납부고지서에 따른 지정납부기한까지 국세 등을 완납하지 아니하여 납부지연가산세를 부과하는 경우, 지정납부기한의 다음 날부터 하루 단위로 납부지연가산세를 산정하였습니다. 그러나 개정 국세기본법은 지정납부기한의 다음 날부터 1개월이 경과할 때마다 납부지연가산세를 산정하도록 규정하였습니다.

  또한 개정 국세기본법은 납세자가 체납된 국세를 지정납부기한까지 완납하지 아니하여 관할세무서장이 「국세징수법」에 따라 독촉하는 경우 그 독촉에 드는 비용을 납부지연가산세에 포함하도록 규정하였습니다.

  해당 규정은 2026. 7. 1. 이후 지정납부기한이 도래하는 분부터 적용되고, 2026. 7. 1. 전에 지정납부기한이 경과한 경우에는 종전 규정이 적용됩니다.



6. 「국제조세조정에 관한 법률」 주요 개정 내용

● 글로벌 최저한세 관련 내국추가세 도입(국제조세조정에 관한 법률 제73조의2 등)

  개정 국제조세조정에 관한 법률은 글로벌 최저한세 제도를 보완 입법하기 위해 다국적기업 그룹의 국내구성기업이 최저한세율(15%) 미만으로 과세되는 경우에 대한 내국추가세 도입하였습니다.

  각 사업연도 해당 다국적기업그룹의 내국추가세액은 최저한세율에서 해당 다국적기업그룹의 실효세율을 차감하여 계산한 비율에 해당 다국적기업그룹의 국내 초과이익 금액을 곱한 후 해당 다국적기업그룹의 당기 내국추가세액가산액을 더하여 계산합니다.



7. 2025년 개정세법의 시사점

  2025년 개정세법은 전구간 법인세율 1%p 인상을 통해 세입 기반을 확충하는 '증세'의 측면과 고용 및 투자에 대한 '유인'이라는 양면성을 띠고 있습니다. 기업은 세율 인상에 따른 법인세 부담을 상쇄하기 위해 조특법의 세액공제 및 감면제도를 활용하는 전략을 짜야 합니다. 그리고 이번 개정에서 고용 유지 및 지방 이전에 대한 인센티브를 강화하고, 기업의 배당을 유도함으로써 '자본시장 활성화(밸류업)', '경제 활력 제고' 등 정부의 정책 방향을 반영하고 있으므로, 기업들은 변화하는 세제 환경에 맞춰 재무 및 투자 계획을 재검토하고, 이에 맞춘 인력 운용 로드맵을 수립하는 등 세제혜택을 활용할 수 있는 전략을 수립하여야 합니다.