2025년 세제개편안의 주요 내용과 시사점 Ⅰ– 법인과세 분야
법무법인 대륙아주 박재영 변호사
법무법인 대륙아주 박형주 변호사
1. 2025년 세제개편안의 배경
기획재정부는 2025. 7. 31. 「2025년 세제개편안」을 발표하였습니다. 이번 개정안은 14일 간의 입법예고 및 2025. 8. 국무회의를 거쳐 올해 9월 정기국회에 제출되고, 구체적인 내용을 담은 세법 시행령 개정안도 곧 마련될 예정입니다.
이번 개편안은 저출산·고령화, 잠재성장률 둔화, 국세수입 감소 등 구조적 여건의 변화 속에서 마련된 것으로, 향후 국가 재정의 건전성 확보와 경제 성장 동력의 강화를 목표로 하고 있습니다. 특히 이번 개편안은 ▲ 경제강국 도약 지원 ▲ 민생 안정을 위한 포용적 세제 ▲ 세입기반 확충 및 조세제도 합리화를 3대 추진 방향으로 제시하고 있습니다.
「2025년 세제개편안」은 방대한 내용을 포함하고 있는 만큼, 금번 이슈리포트에서는 기업 활동과 연계되는 핵심 사항에 중점을 두고자 합니다.
2. 2025년 세제개편안의 주요 내용
가. 미래전략산업 지원 강화
1) 국가전략기술 AI분야 세부기술 및 사업화시설 신설·확대 (조세특례제한법 시행령 별표 제7의2, 같은법 시행규칙 별표6의2 개정)
AI 분야를 국가전략기술로 새롭게 신설하고, 국가전략기술급 AI 서비스를 지원하기 위한 데이터센터를 국가전략기술 사업화시설에 포함하도록 하고 있습니다.
2) 국가전략기술 미래형 운송·이동수단 분야 세제지원 확대 (조세특례제한법 시행령 별표 제7의2, 같은법 시행규칙 별표6의2 개정)
해운 경쟁력 강화를 위하여 AI 지능형 자율운항 기술과 관련 설비의 제작 및 실증 시설을 국가전략기술과 사업화시설에 추가하고 있습니다. 또한, 미래차 분야의 연구 및 투자 지원을 확대하기 위하여 자동차 자율주행 관련 세부기술의 범위를 넓히고 있습니다.
3) 웹툰콘텐츠 제작비용 세액공제 신설 (조특법 §25의8, 조특령 §22의12, 조특칙 §13의11 신설)
웹툰 콘텐츠 제작에 소요되는 비용에 대하여 소득세 및 법인세 세액공제를 적용하도록 하고 있습니다.
4) 우수 선·화주기업에 대한 세액공제 개편 (조특법 §104의30, 조특령 §104의27)
우수 선·화주 기업에 대한 세액공제 요건을 기존 ‘운송비용’ 기준에서 ‘물동량’ 기준으로 개편하고, 원양 노선에 대한 추가 세액공제를 신설하였습니다.
5) 방위산업에 대한 신성장·원천기술 세부기술 및 사업화시설 신설 (조특령 별표7, 조특칙 별표6)
방산물자의 글로벌 공급망 진입 및 안정화를 위한 기술(방산물자를 수출하거나 공급망 안정화를 목적으로 개조·개발하는 기술)과 관련 시설을 신성장·원천기술의 세부기술 및 사업화시설에 추가하였습니다.
나. 기업과세제도 합리화
1) 통합고용세액공제 관련 공제액 구조 개편 및 사후관리 합리화 (조특법 §29의8, 조특령 §26의8)
기업이 상시근로자를 증가시킨 경우, 기업의 규모 및 소재지 등에 따라 연간 400만 원에서 최대 1,550만원까지 세액공제를 받을 수 있습니다.
- (공제구조) 기존의 고용 감소 시 세액을 추징하는 방식에서, 고용을 유지하는 경우 2~3년 차에 더 높은 공제를 적용하는 방식으로 공제 구조를 재설계
- (공제요건) 중견·대기업의 경우 최소고용증가 인원수(중견기업 5명, 대기업 10명)를 초과하여 고용이 증가한 경우 그 초과분에 대해서만 공제를 적용
- (사후관리) 고용증가 인원 중 일부 고용 감소 시 고용 유지분에 대한 공제는 유지(현재는 고용 감소분에 대해 공제액 전액 추징 및 고용이 감소한 해부터 공제 전액 배제)
- (추가공제) 육아휴직 복귀자에 대한 추가공제(중견기업 900만원, 중소기업 1,300만원) 적용기한이 2026. 12. 31.까지 연장
2) 해외진출기업의 국내 복귀 세제지원 강화 (조특령 §104의21)
부분적으로 복귀하는 해외진출 기업에 대하여 소득세·법인세·관세 감면을 확대하고, 부분복귀 기업의 감면 대상 소득을 산정하는 산식을 추가하며, 부분복귀 이후 사업 축소가 완료되지 않은 경우에는 추징 규정을 신설하였습니다.
3) 내국법인이 외국자회사 주식을 외국법인에 현물출자 시 과세특례 신설 (조특법 §38의3, 조특령 §35의5)
해외사업 구조조정 지원을 위해 내국법인이 외국자회사 주식을 외국법인에 현물출자하는 경우 양도차익을 과세이연하는 특례를 신설했습니다.
- (출자법인) 5년 이상 계속 사업을 한 내국법인
- (출자자산) 출자법인이 20% 이상 지분을 보유하고 있는 외국자회사의 주식 또는 출자지분
- (외국법인) 출자법인이 피출자 외국법인의 지분을 80% 이상 보유하여야 하며, 피출자 외국법인은 외국자회사가 영위하던 사업을 해당 사업연도 말까지 계속 영위
- (과세특례) 내국법인이 외국자회사 주식 등을 외국법인에 현물출자함으로써 발생한 양도차익을 4년 거치 3년 분할 익금산입
다. 지역성장 지원
1) 지방이전 기업 세제지원 제도 개선 (조특법 §63·§63의2, 조특령 §60·§60의2)
공장 및 본사를 수도권 외 지역으로 이전한 기업에 대하여 소득세·법인세 감면 적용 대상과 감면 기간을 확대하는 한편, 감면 한도를 신설하고, 사후관리 규정으로서 감면을 받은 후 2년 이내 상시근로자가 감소하는 경우 이를 제한하는 규정을 도입하였습니다.
- (적용대상) 수도권 과밀억제권역에서 3년 이상 사업을 영위한 기업이 수도권 외 지역으로 이전하는 경우로, 기존 규정과 동일하게 적용
- (대상지역 및 감면기간) 수도권(연접지역 포함) 및 광역시를 제외한 낙후지역에 대해서는 최대 감면기간을 적용하며, 이전 지역에 따라 7년에서 12년이던 감면기간을 8년에서 15년으로 확대
- (감면한도) 이전기업의 지방에 대한 투자·고용과 연계된 감면한도(지방 투자누계액ｘ70% + 지방근무 상시근로자수ｘ 1,500만원)
2) 프로젝트 리츠에 대한 현물출자 과세특례 신설 (조특법 §97의10, 조특령 §97의10 신설)
프로젝트 리츠(Project REITs)에 토지 등을 현물로 출자하는 경우, 취득한 주식을 처분할 때까지 양도소득세 납부를 이연하거나 법인세 과세를 이연하는 특례를 신설하였습니다.
라. 세입기반 확충 및 조세제도 합리화
1) 법인세율 환원 (법인법 §55①)
정부는 응능부담원칙에 따른 세부담 정상화를 위해 법인세율을 ‘2022년 수준으로 환원하는 개편안을 마련하였습니다.
2) 외국법인의 연락사무소 현황자료 미제출 시 과태료 신설 (법인법 §125)
외국법인이 국내에 연락사무소(외국본사를 위하여 광고, 선전, 시장조사, 정보수집 등 예비적·보조적 활동을 수행)를 설치한 후 현황자료를 제출하지 않거나 허위로 제출하는 경우에는 과태료가 부과됩니다.
또한, 지방자치단체의 장은 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제4조에 따른 공익사업을 위하여 토지 등을 매수·임차하려는 경우에는 구조개선이행계획 또는 구조개선명령에 따라 폐교되는 사립 대학 또는 해산되는 학교법인의 재산을 우선적으로 고려하여야 합니다.
3. 2025년 세제개편안의 시사점
2025년 세제개편안은 미래 성장 동력 확보와 재정 건전성 강화에 초점을 맞추고 있으며, 특히 AI, 자율 주행, 웹툰 등 미래 전략산업에 대한 세제 지원을 확대하여 기업의 신기술 투자와 연구개발을 적극적으로 유도하고 있습니다. 또한, 법인세율을 2022년 수준으로 환원하여 세입 기반을 확충하는 동시에, 고용 유지 및 지방 이전에 대한 인센티브를 강화함으로써 기업의 사회적 책임을 유도하고 지역 균형 발전을 촉진하려는 정부의 정책 방향을 반영하고 있습니다. 따라서 기업들은 변화하는 세제 환경에 맞춰 재무 및 투자 계획을 재검토하고, 세제 혜택을 활용할 수 있는 분야를 적극적으로 모색하는 전략을 수립해야 합니다.
